Szkoła jest placówką oświatowo-wychowawczą o charakterze publicznym, kształcącym w cyklu sześcioletnim, zajęcia dydaktyczne odbywają się na jedną zmianę.

Organem prowadzącym Szkołę Podstawową w Zagajach jest Gmina w Lelkowie.

Szkoła realizuje cele i zadania określone w ustawie o systemie oświaty z dnia 7 września 1991 r. (tekst jednolity Dz. U. Nr 67, poz. 329 z 1996 r. z późniejszymi zmianami) oraz przepisach wydanych na jego podstawie. W szczególności zapewnia uczniom pełen rozwój umysłowy, moralny, emocjonalny i fizyczny w zgodzie z ich potrzebami i możliwościami psycho-fizycznymi, w warunkach poszanowania ich godności osobistej oraz wolności światopoglądowej i wyznaniowej.